В сабже, видать, захардкодили автообновление пакетиков. Да так, что ни одним из ранее работающих методов типа удаления "unattended-upgrades" или хождения по всяким менюшкам-апплетам больше его не отключить. Уж не знаю как и зачем они это сделали. Дико бесит.
Приходится брать в руки старую добрую консоль и колдовать из неё.
Запретить гному скачивать обновления:
gsettings set org.gnome.software download-updates false
Запретить гному даже искать обновления:
gsettings set org.gnome.software allow-updates false
Вообще вырубить к х**м долбаный PackageKit:
systemctl stop packagekit.service
systemctl mask packagekit.service
Последние две команды нужно выполнять от рута.